发明涉及农作物遗传育种技术领域。本发明提供了一种甘薯全基因组高通量特异性InDel分子标记引物组及其应用,包括526对分子标记引物。本发明设计的引物标记可以用来作为遗传图谱构建、遗传多样性分析、指纹图谱构建、分子标记辅助选择等的工具。本发明的引物组扩增出的条带对甘薯基因组的覆盖度高,平均每140kb就有一对引物,扩增特异性更好