本发明公开了一种IbFLS1蛋白、编码基因、重组载体与应用及其培育转基因植物的方法。将本发明的IbFLS1蛋白及其编码基因和重组载体可调控植物黄酮醇的合成,将编码IbFLS1蛋白的DNA分子导入目的植物,可得到黄酮醇积累量增加的转基因植物。本发明提供的IbFLS1蛋白及其编码基因在提高植物黄酮醇含量方面具有重要的理论意义与应用价值,为转基因植物的培育奠定了基础。