本发明提供了一种快速鉴定甘薯基因组大小的方法,包括以下步骤:1 )田间取甘薯茎尖组织扦插于霍格兰培养液中培养20~28h;2 )取新生根尖与甘薯专用裂解液混合;3 )过滤所述裂解后的料液,收集滤液,离心,收集离心产物为裂解后的细胞;4 )将所述裂解后的细胞与染液混合染色;5 )将所述待检细胞液通过流式细胞仪检测所述待检细胞的FL2-A值;6 )根据所述待检细胞的FL2-A值,计算获得所述待检细胞基因组的1C值及其基因组大小。