本发明提供了一种快速分离稻瘟病菌单孢菌株的装置,包括操作台、驱动箱、挑针、菌株承载台;操作台上设置光孔,驱动箱内设置驱动系统,菌株承载台沿光孔周向设置且用于承载待操作稻杆,挑针在驱动系统的驱动下沿水平和竖直方向移动且针尖与稻杆接触。